Promotor: Prof.dr. J.N. Kok, Co-promotor: F.J. Verbeek

Onderzoeksgroepen in het Biological & Soft Matter onderzoeksprogramma ontrafelen de mechanismen in biologische processen en ontwikkelen nieuwe zachte materialen die geïnspireerd zijn door de natuur.

Shape and biological function are tightly connected. Physical descriptions are used to connect the shape of a biological system with its function.

In deze master specialisatie ligt de focus op het begrijpen van biologische processen in hun natuurlijke context, zoals cellen en weefsels.

In this thesis we study products of linear error correcting codes.

Promotores: H. Schiessel, G.T. Barkema

This thesis investigates how cell shape and collective behavior influence the dynamics and structure of biological tissues, which are crucial for understanding processes like embryonic development, tissue regeneration, and metastasis.

This dissertation contains four works during my PhD. Different biomaterials have been designed based on coiled-coil peptides. These biomaterials have a range of applications, inclusing drug delivery, cell sorting to cell-cell fusion.

It has been a long-standing mystery how complex biological structures emerge from such seemingly uncoordinated building blocks as cells and tissues, in the presence of only minimal environmental guidance.

Promotie

Door de groeiende populariteit van zelfregulering door bedrijven om problemen in de leveringsketen aan te pakken, staat maatschappelijk verantwoord ondernemen in het middelpunt van de belangstelling. In dit artikel analyseren Jaroslaw Kantorowicz, Sarah Vandenbroucke en Yvonne Erkens de gedragscodes…

This PhD-thesis presents a study on micron-sized particles, so-called colloids. By controlling the chemical and physical properties of these particles, such as the interparticle interaction and the particles’ shape, colloids can act as building blocks that self-assembly into larger structures.

Om deze vraag te bespreken verzamelden zich op 21 april jl. voorzitters, leden en secretarissen van de Commissies Wetenschappelijke Integriteit (CWI) van vrijwel alle Nederlandse universiteiten in de Leidse Sterrewacht. Tevens waren er leden van de commissies uit Leuven, Brussel, Gent en Hasselt alsmede…

Met behulp van statistische mechanica hebben biofysici van de Universiteit Leiden, de Stichting FOM en de Radboud Universiteit Nijmegen een model ontwikkeld waarmee meer informatie uit DNA-codes gehaald kan worden. De resultaten verschenen op 20 augustus in het gezaghebbende blad Proceedings of the…

Het KNMI geeft weerwaarschuwingen in verschillende codes naarmate het weer een risico vormt voor de veiligheid van mensen. Hieronder lees je wat de universiteit en faculteit hanteren bij deze codes.

The major and ultimate aim of metabolomics is to obtain an answer to a specific biological or clinical question.

Geheime berichten versturen, wachtwoorden veiligstellen of simpelweg een tekst onleesbaar maken? Het heeft allemaal te maken met wiskunde. Afgelopen week is het jaarlijkse PRE-Classes programma van start gegaan. De middelbare scholieren die deelnemen aan het wiskunde traject zijn straks experts op het…

Op 16 december promoveert Ruixue Wu. Het Leiden University Centre for Linguistics feliciteert Ruixue!

Het ontbreekt de huidige politieke democratie aan legitimatie, oplossingsgerichtheid en vertrouwen. Maatschappelijke polarisatie en onvrede zijn het gevolg. Daarom stelt het initiatief Code Oranje voor om de democratie te hervormen.

Promotor: Prof.dr. P.G.L Klinkhamer, Co-promotor: K. Vrieling

Wereldwijd zijn landen niet of nauwelijks voorbereid op grote grenzeloze crises zoals extreme natuurrampen of andere onverwachte calamiteiten die de maatschappij ontwrichten. Daarvoor waarschuwt hoogleraar Politicologie Arjen Boin. In zijn oratie op 23 oktober komt hij met aanbevelingen.

Het Social Justice Expertise Centre (SJEC) en de Vereniging voor Arbeidsrecht (VvA) organiseerden op 22 september een congres over fundamentele arbeidsrechten en internationale gedragscodes.

Er is een nijpend cellen- en personeelstekort in Nederlandse gevangenissen. En dit is niet voor de eerste keer. Miranda Boone, hoogleraar criminologie en vergelijkende penologie, sprak met Trouw over de problematiek: ‘Het aantal gevangenen is het resultaat van beleid.’

The emergence of complex diseases resulting from abnormal cell-cell signaling and the spread of infectious diseases caused by pathogens are significant threats to humanity. Unraveling the dynamic mechanisms underlying cell-cell signaling and infectious disease spreading is crucial for effective disease…

Parkinson's disease is the second most common neurodegenerative disease in the world. One of its symptoms is the loss of dopaminergic neurons in the substantia nigra pars compacta.

Learning a programming language is challenging. Even one of the first –but crucial– concepts to learn, variables, is hard to grasp. Variables can represent different roles and functions within a code and need to be named appropriately to support code comprehension and debugging.

Vitamin A or retinol is essential in embryonic development, the visual cycle and the immune system.

Promotor: A. Kros

In this thesis, we show how MRFM can usefully contribute to the field of condensed-matter.

Promotor: Prof.dr. J.N. Kok

This work has described synthetic strategies towards well-defined structures resembling capsular polysaccharide (CPS) fragments, CPS mimics, teichoic acid (TA) fragments as well as a third-generation ring-closing tandem metathesis (RCM) linker to better exploit the potential of automated synthesis.

Promotor: Prof.dr. H.A.G. Wijshoff

Promotor: J.G.E.M. Fraaije, Co-Promotor: A. Kros

Promotor: Prof.dr. T. Hankemeier, Co-promotor: Theo Reijmers

Neurodegenerative diseases, including Parkinson’s disease (PD), are increasing in prevalence due to the aging population. Despite extensive study, these diseases are still not fully understood and the lack of personalised treatment options that can target the cause of the diseases, rather than the symptoms,…

Advanced mass spectrometry of glycosphingolipids takes the central stage in this thesis. Investigations focus on characterization of glycosphingolipid metabolism in health and disease with emphasis to the detection and accurate quantitation of known and so far unknown glycosphingolipids and closely…

Promotor: Prof.dr. T. Hankemeier

Marine sponges are important members of reef ecosystems, as they play ecological roles that are essential for the health of the reef.

Due to their central physiological roles in living organisms, retaining beta-glycosidases have been the subject of tremendous research efforts to examine their structure/function relation using numerous biophysical and biochemical approaches.

The recently introduced nature-originated deep eutectic solvents, so-called natural deep eutectic solvents (NADES) are considered as truly green solvents, which composed of natural ingredients found abundantly in organisms.

Glycoside hydrolases (glycosidases/GHs) are widely abundant enzymes in all kingdoms of life and are important biocatalysts that catalyze the hydrolysis of glycosidic linkages in oligo/polysaccharides, glycoproteins and glycolipids with tremendous efficiency

Promotor: Prof.dr. F.S. de Boer, Co-promotor: D. Clarke

Kleinere computerchips, smallere cameraatjes; ze worden steeds moeilijker om te maken. Maar wat als de bouwstenen zichzelf opbouwen? Natuurkundige Daniela Kraft bedacht een methode om deeltjes aan te sturen in samenklonteren. Publicatie in ACS Nano.

Op een ogenschijnlijk gewone kubus verschijnt onder druk een patroon van hollingen en bollingen. Er is nu een methode ontwikkeld om zulke 3 dimensionale structuren te ontwerpen en maken met eenvoudige bouwstenen. Publicatie in Nature.

Mensenrechten zijn lang het unieke domein van staten geweest. Dat is veranderd met de globalisering en de opkomst van multinationale ondernemingen. De zorg voor fundamentele arbeidsrechten binnen mondiale toeleveringsketens vormt een probleem.

In this thesis an activity-based probe was discovered that could visualize the activity of PLAATs. With an optimized gel-based ABPP assay in hand, screening of a compound library led to the discovery of alpha-ketoamides as a hit for PLAAT3.

Climate change is a challenge for both current and future generations. New biological resources have to be developed in order to meet the demand for energy as well as the demand for food.

Promotor: J. van der Greef; Co-promotor: E. van Wijk, M. Wang